Od kwietnia 1982 r. msze pod przewodnictwem ks. Popiełuszki odprawiane były regularnie w ostatnie niedziele miesiąca, gromadząc rosnącą liczbę wiernych oraz skupiając rozbite w stanie wojennym środowisko Solidarności.

Nabożeństwa będące symbolem i manifestacją wolności stały się solą w oku władz komunistycznego państwa. Mimo rosnących represji ze strony Służby Bezpieczeństwa – kapłan nigdy nie odstąpił on od celebracji Mszy za Ojczyznę. W odwecie został brutalnie zamordowany. Jego postawa stała się w Polsce i na świecie symbolem walki o prawdę i godność człowieka.

Msze za Ojczyznę już przed stanem wojennym celebrował sędziwy proboszcz parafii – ks. Teofil Bogucki, w czym nawiązywał do przedwojennej tradycji. Po 13 grudnia 1981 r., kiedy aresztowano wielu członków Solidarności, przekazał je jednak księdzu Popiełuszce, rezydentowi parafii, duszpasterzowi Huty Warszawa.

Oprócz odprawiania Mszy za Ojczyznę, ksiądz Popiełuszko zajął się wszechstronną pomocą dla represjonowanych oraz uczestniczył w rozprawach sądowych internowanych hutników. Na korytarzach i w salach sądowych poznał aktorów bojkotujących reżimową telewizję i teatry, zaprosił ich do udziału w Mszach za Ojczyznę. Z miesiąca na miesiąc msze skupiały rosnącą liczbę wiernych, która w 1984 r. sięgała każdorazowo kilkunastu tysięcy osób.

Homilie księdza Popiełuszki wygłaszane podczas Mszy za Ojczyznę były kolportowane na terenie całej Polski. Trafiały także do więzień gdzie czytali je internowani przywódcy zdelegalizowanej Solidarności. W Mszach za Ojczyznę uczestniczyli liczni działacze niepodległościowi - m.in. Seweryn Jaworski, Andrzej Gwiazda, Zbigniew Romaszewski, Anna Walentynowicz, Jacek Kuroń, Adam Michnik i inni. Ksiądz Popiełuszko stał się postacią rozpoznawalną najpierw w środowisku warszawskim a potem ogólnopolskim. Z czasem w mszach uczestniczyli również zagraniczni dziennikarze i korespondenci.

Ksiądz Popiełuszko był w ogólnym zainteresowaniu komunistycznej Służby Bezpieczeństwa z pewnością już od 1981 r. Jednak we wrześniu 1982 r. zarejestrowano dedykowaną mu Sprawę Operacyjnego Rozpracowania kryptonim „Popiel”. Władze komunistyczne z jednej strony wielokrotnie interweniowały w sprawie Mszy za Ojczyznę i księdza Popiełuszki w Archidiecezji Warszawskiej a następnie w sekretariacie Prymasa Polski.

Kapłan został poddany inwigilacji a do jego otoczenia wprowadzano tajnych współpracowników. Zaczęto go zastraszać grożąc mu śmiercią. Prowadzono także dezinformację na jego temat wobec Prymasa Józefa Glempa.

W końcu próbowano go skompromitować, aresztowano go i wszczęto w jego sprawie śledztwo zakończone aktem oskarżenia.

Wszystkie te działania ostatecznie nie przyniosły skutku, choć kilkukrotnie ksiądz nie głosił homilii podczas Mszy za Ojczyznę z powodu ryzyka aresztowania. 19 października 1984 r. kapłan został porwany a następnie zamordowany przez komunistyczną Służbę Bezpieczeństwa. Zginął mając 37 lat. Jego pogrzeb będący niespotykaną w skali demonstracją wiary, wolności i patriotyzmu, był największym pogrzebem w historii Polski.

W 2010 r. ksiądz Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany. Grób męczennika znajdujący się przy kościele na Żoliborzu nawiedziły blisko 23 miliony osób a na terenie parafii stworzono nowoczesne muzeum księdza Jerzego Popiełuszki. Msze za Ojczyznę odbywają się w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie w ostatnie niedziele miesiąca do dziś.

W niedzielę 27 lutego z okazji rocznicy w parafii Świętego Stanisława Kostki o godzinie 18:00 tradycyjnie odprawiona zostanie Msza za Ojczyznę. Tego dnia między godziną 11:00 a 17:00 będzie można nawiedzić kaplicę w której znajdują się przedmioty związane ze śmiercią męczennika, w tym jego sutanna, koszula, krzyżyk czy znaczek z orzełkiem i Matką Boską, który zawsze nosił przy sobie. O godzinie 11:00, 12:00, 13:00 i 14:00 po Muzeum będą oprowadzali świadkowie życia księdza Jerzego Popiełuszki oraz przewodnicy.