Od wielu lat ks. Chwilczyński angażował się w liczne projekty humanitarne kierując Katolickim Radiem Rodzina i prowadząc wrocławską edycję Niedzieli. Na wydarzenia przez siebie organizowanych jak np. Noce Kościołów, które co roku gromadziły na Dolnym Śląsku ponad 100 tys. uczestników, zapraszał hierarchów z Kościołów prześladowanych: Indie, Pakistan, Bangladesz, Sudan Południowy, Syria, Irak. Goście dzieląc się świadectwem funkcjonowania wspólnot katolickich wśród prześladowań otrzymywali też konkretne wsparcie na realizację konkretnych projektów wobec najbiedniejszych. Partnerem tych wydarzeń było Papieskie Stowarzyszenie Pomoc Kościołowi w Potrzebie.

Ks. Cezary Chwilczyński był tez pomysłodawcą i zrealizował dolnośląską akcję Dar dla Aleppo, której owocem był remont i wyposażenie części zniszczonego przez Państwo Islamskie szpitala św. Ludwika w syryjskim Aleppo. W realizowanym wówczas ekumenicznym projekcie na Dolnym Śląsku zebrano blisko 1,4 ml zł a zbiórkę zaangażowały się środowiska m.in. akademickie, biznesowe, samorządowe.

W ostatnich latach koordynował projekty humanitarne w wielu miejscach na świecie realizując m.in. budowę studni w Sudanie Południowym, pomoc dla najuboższych mieszkańców w slumsach Manili czy syryjskiej Maluli, stacji misyjnej w Indonezji, Zambii czy też szkole katolickiej w Tanzanii. Zaangażował się też w pomoc ofiarom wojny na Ukrainie. „Ta pomoc o wielomilionowej wartości - jak mówi ks. Chwilczyński - mogła dotrzeć do potrzebujących dzięki darczyńcom - ludziom dobrej woli. Wyrażam wdzięczność za dobroć serca tak wielu ludziom, bo bez ich wsparcia nie udałoby się zrobić tyle dobrego dla potrzebujących. Niech im Bóg błogosławi. Dziękuję też księdzu arcybiskupowi Józefowi Kupnemu za inspirację i konkretne wsparcie tych projektów. Pamiętam że, kiedy z ks. Waldemarem Cisło przyszliśmy do naszego Księdza Arcybiskupa z projektem Dar dla Aleppo, to właśnie on stał się pierwszym hojnym ofiarodawcą tego wydarzenia. Dziś też dziękuje parafianom w Żórawinie za wielką wrażliwość i wsparcie dla potrzebujących w świecie, bo to dzięki ich ofiarom, poprzez Parafialny Zespól CARITAS w łączności z CARITAS Archidiecezji Wrocławskiej możemy wspierać działania humanitarne w świecie- mówi ks. Chwilczyński

W 2020 r. za działania na rzecz mediów katolickich i rozwój kultury chrześcijańskiej Ksiądz Cezary Chwilczyński odznaczony został Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Ksiądz Chwilczyński jest także kapelanem akcji "Studio Wschód" oraz "Mogiłę pradziada ocal od zapomnienia", pomagające naszym rodakom na Kresach Wschodnich.