Zatrzymajmy się teraz dłużej przy motywach maryjnych w wystroju katedry. Możemy śmiało postawić tezę, iż mimo chrystologicznego wezwania otrzymała ona już w momencie konsekracji wyjątkowy charakter maryjnego sanktuarium. Świadczą o tym elementy, które występowały w dekoracji zewnętrznej i wewnętrznej kościoła. Fasadę główną budowli wieńczył niczym korona szczyt zdobiony emblematem maryjnym. Po przekroczeniu progów świątyni uwaga widza koncentrowała się na ołtarzu głównym, dziś już nie istniejącym, którego program ikonograficzny ilustrował zgodnie z intencją fundatora, Jana Zamoyskiego, prawdę o Zmartwychwstaniu i aktualny wówczas, bo podważany szczególnie przez arian dogmat Trójcy Świętej. Program ten zawierał również akcent maryjny. Został on dodany do pierwotnej koncepcji już przez Tomasza Zamoyskiego, który będąc wielkim czcicielem Matki Najświętszej, nie wyobrażał sobie zapewne, aby Jej postaci zabrakło w tak ważnym miejscu. I rzeczywiście, rzeźbiona figura tronującej na obłokach Matki Bożej z Dzieciątkiem na ręku umieszczona została w centrum ołtarza, w polu tympanonu, wieńczącego obraz tytularny. Wątek maryjny podkreślono też w powiązaniu z postacią patrona świątyni i miasta - św. Tomasza Apostoła. To on właśnie, niedowierzając prawdzie o wniebowzięciu Matki Bożej, dla potwierdzenia tego faktu otrzymać miał - jak głosi apokryficzna legenda - spuszczony z nieba Jej welon, którego cząstka przechowywana jest w Zamościu do dziś, we wzmiankowanym już relikwiarzu. Wypowiedziane wówczas przez niego pełne głębokiej wiary słowa: "Pani moja, Dziewica Boża Rodzicielka jest wzięta do nieba", umieszczone zostały w łacińskiej wersji w centralnym miejscu nad łukiem tęczowym, gdzie nadal pozostają.
Innym aspektem kultu maryjnego w katedrze były i są kaplice, ołtarze i obrazy Jej poświęcone. Omówimy je w kolejności, zwracając uwagę na występowanie w każdej z nich maryjnych akcentów.
Do końca XVIII w. w kaplicy fundatorskiej znajdował się otaczany wielkim nabożeństwem ołtarzyk z obrazem Matki Bożej Loretańskiej, przywiezionym z Loreto przez Tomasza Zamoyskiego. O kulcie tego obrazu świadczyły liczne i cenne wota.
W kolejnej kaplicy, pod tytułem Matki Bożej Różańcowej, którą opiekowało się bractwo różańcowe, założone w 1617 r., w ołtarzu umieszczono ufundowany przez jednego z członków bractwa obraz Maryi z Dzieciątkiem, również cieszący się wielką czcią wiernych. Kult Matki Bożej Różańcowej był zresztą powszechny nie tylko w Zamościu, ale na terenach całej Rzeczypospolitej, szczególnie zaś na jej kresach. Wiązało się to z ustanowieniem święta Matki Bożej Różańcowej na pamiątkę zwycięskiej bitwy morskiej z Turkami pod Lepanto w 1571 r., która ochroniła świat chrześcijański przed nawałą turecką. Zwycięstwo to zawdzięczano modlitwom przed obrazem Matki Bożej w Rzymie i procesjom różańcowym ulicami miasta. Ożywienie nabożeństwa różańcowego w Polsce nastąpiło po 1621 r., kiedy pod Chocimiem wojska polskie powstrzymały wielokrotnie silniejszą armię turecką. Zwycięstwo chocimskie przypisano również wstawiennictwu Maryi w kopii Jej rzymskiego wizerunku, który czczony był w krakowskim kościele ojców dominikanów i w czasie trwania bitwy obnoszony w błagalnej procesji ulicami Krakowa. Kopie tego obrazu umieszczano również w ołtarzach na naszych terenach, a najsłynniejsza z nich, ufundowana przez III ordynata Jana Zamoyskiego, znajduje się w sanktuarium w Janowie Lubelskim, niegdyś należącym do ordynacji zamojskiej.