„Niech się dzieje wola Twoja” - ten akt strzelisty stał się niemal codziennym zawołaniem Józefa. Opatrzność, dla siebie tylko znanych powodów, tak kierowała życiem młodego kapłana, że miał on okazję do częstego deklarowania swojej gotowości do realizowania woli Bożej. W Samborze szybko minęły tęsknoty za Wojutyczami, które pokochał i którym oddał tak wiele serca. Tam ludzie prości, twardzi, czasem nawet hardzi, po pewnym czasie uznali autorytet młodego, lecz pełnego wiedzy i ducha pobożności kapłana. Teraz w Samborze trzeba było zmierzyć się z inną formą lekceważenia praw Bożych. To nie były już ciemnota, uciekanie do alkoholu, wiejska zadziorność. Tu inteligencja ujawniała coraz bardziej swoje liberalizujące usposobienie. Pelczar zauważył, że stawało się swoistą modą demonstrowanie swojej oziębłości religijnej, kontestowanie nauki Kościoła. Trzeba było szukać nowych sposobów i metod prowadzenia dzieła ewangelizacji. Józef szukał okazji do spotkań, podczas których nie unikał intelektualnych potyczek. Ujawniały one powierzchowność myślenia liberałów, ich znikomą wiedzę. Musiał bardzo uważać, by nie urazić ambicji swoich adwersarzy, a jednocześnie sprytnie ujawniał absurdalność ich myślenia.
Mijały tygodnie i podobnie jak w Wojutyczach, tak i w Samborze zaczął zyskiwać autorytet, nierzadko zdarzały się nieco ukrywane, ale szczere powroty inteligencji do wiary i przestrzegania nauki Kościoła.
I właśnie wtedy, gdy praca zaczęła nabierać uporządkowania i przynosić pierwsze owoce przyszło wezwanie do Przemyśla. Październik 1869 r. wpisał się w życiorys Józefa kolejną rozmową z bp. Monastyrskim.
- Nie wiem czy ta rozmowa przyniesie księdzu satysfakcję, ale jest ona konieczna i, czego nie kryję, oczekuję, że ksiądz zrozumie sytuację i mi nie odmówi, chociaż będzie to decyzja niełatwa. Wiem jak wielką pracę podjął ksiądz w Samborze. Więcej, jestem przekonany, jak wielką ona jest potrzebą. Ale oto pojawiła się nowa sytuacja.
- Przecież ksiądz biskup wie, że jestem do dyspozycji pasterza diecezji. Proszę zatem bez obaw wyjawić swoją wolę.
- Ks. Michał Stolf dostał zgodę namiestnikostwa na objęcie parafii w nowym mieście. Trudno mu nie pozwolić. W związku z tym pojawiła się potrzeba obsadzenia stanowiska po nim. Nie mam nikogo z wyjątkiem księdza. Dlatego chciałem zaproponować funkcję prefekta i przyjęcie wykładów z teologii pastoralnej.
Zaskoczenie było duże. Nie tyle z powodu propozycji objęcia pracy prefekta, ile raczej z powodu tej drugiej propozycji. Ksiądz biskup jakby wyczuwając wahanie kandydata dodał:
- Wiem, że marzy ksiądz o pracy historycznej czy prawniczej, ale takie są teraz potrzeby. Muszę też jasno powiedzieć, że nie ma co liczyć na godziwą zapłatę. To najgorzej opłacana posada w seminarium. Takie są zarządzenia władz, które uszczupliły dotacje na pensje profesorskie. A co do wykładów, to nie ma się, czego obawiać. Na pewno ksiądz da sobie radę.
Józef rzeczywiście nie zamierzał się wadzić ani o pieniądze, ani o wykłady. Zanim ksiądz biskup zdążył skończyć swoje wyjaśnienia, już w umyśle i sercu Pelczara pojawiły się owe słowa, tak często wypowiadane. Niech się stanie wola Twoja. Kiedy ksiądz biskup skończył swoje przedłożenia ks. Pelczar odpowiedział krótko:
- Przyjmuję proponowane mi stanowisko.
Wprost od biskupa udał się do seminarium, gdzie po krótkiej rozmowie z rektorem spotkał się z ks. Glazerem. Nie widzieli się już dawno, więc powitanie było bardzo serdeczne, a nawet wylewne. Glazer nie omieszkał przypomnieć wydarzenia z rzeszowskiego gimnazjum i dodał:
- Teraz obaj jedziemy na tym samym koniu. Będziemy pilnować kleryków. Nie ma ich za wielu, więc kłopotów z tym nie będzie.
- Mam nadzieję, bo zamierzam kontynuować moją pracę nad rozprawką, którą zacząłem pisać w Wojutyczach, a teraz w Samborze nie było na to zupełnie czasu.
- Spokojnie to zrobisz, a znając twoją pracowitość pewnie podejmiesz następne dzieła.
Znowu rozpoczęły się pakowania, szukanie środków transportu. Były nawet chwile niemiłe, kiedy to przedstawiciele inteligencji przyszli do proboszcza zaprotestować przeciw decyzji biskupa.
Proboszcz roztropnie gasił te zarzewia buntu i chronił przed nimi Pelczara, chociaż i jemu samemu smutno było z powodu odjazdu tak cennego współpracownika.
Czas, który nadszedł był znaczony ważnymi wydarzeniami. Od tych małych, jakim było ukończenie i przygotowanie do druku pracy pt. Życie duchowe. Zaangażowanie w spotkania z robotnikami i długie dyskusje z nimi zrodziły kolejną pozycję, którą była Obrona religii katolickiej.
Obok cotygodniowych spotkań z robotnikami zrzeszonymi w towarzystwie „Gwiazda” młody prefekt seminarium spędzał długie godziny w konfesjonale. To tutaj znajdował swoje miejsce, tutaj realizował pragnienie głębszego życia duchowego, które jak sądził, mógłby osiągnąć w zakonie. Jego pragnienia po części zostały spełnione, kiedy biskup zlecił mu funkcję spowiednika u przemyskich Benedyktynek. Wreszcie była to duża pomoc w lepszym rozumieniu teologii pastoralnej. Konfesjonał ujawniał problemy i potrzeby wiernych.
Wielkim przeżyciem dla profesorów i całego Kościoła było rozpoczęcie obrad I Soboru Watykańskiego. Sytuacja rozogniła się, kiedy Sobór wydał swój pierwszy dokument - konstytucję dogmatyczną Pastor Aeternus, w której między innymi sformułowano dogmat o nieomylności papieża. Dla liberałów była to wielka pożywka do spotęgowania krytyki Kościoła i papiestwa. Bardzo to bolało Pelczara, który wielką miłością otaczał osobę papieża Piusa IX. Potem przyszły wieści o inwazji Emmanuela II na państwo kościelne. Papież stał się więźniem Watykanu i stało się to w dniach, kiedy przypadała rocznica srebrnego jubileuszu posługi Piotrowej papieża. Z tej okazji odbyła się w katedrze uroczysta celebra, podczas której Józef wygłosił płomienne przemówienie podkreślające wielkie zasługi Jubilata dla Polski.
W tym też czasie dotarła do Przemyśla smutna wiadomość o śmierci bp. Monastyrskiego. Nie było możliwości, by sprowadzić doczesne szczątki pasterza do Przemyśla, dlatego zdecydowano pochować go w Rzymie, w mieście, w którym umarł.
Oczekiwanie na następcę trwało przeszło dziewięć miesięcy. Był to smutny czas dla diecezji. Ciągle trwające nagonki na Kościół, osierocenie - to wszystko nie nastrajało optymistycznie. Józef, który z wykładami nie miał wiele pracy spędzał ten czas na modlitwie i posłudze w konfesjonale. Tak jak w Samborze, tak i teraz przychodzili do kratek konfesjonału ludzie zagubieni w wielorakich opiniach i szukali światła w posłudze młodego prefekta. Nie wiadomo, z jakiego powodu - czy to z przemęczenia, czy wskutek przeżyć, na nowo odezwała się u Pelczara choroba przewodu pokarmowego, która sprawiła, że musiał powrócić do domu rodzinnego w Korczynie. Wraz z powrotem w miejsca bliskie sercu powróciła myśl o życiu zakonnym. Bliskość Starej Wsi prowokowała myśl o jezuitach. Józef był niemal zdecydowany. Bał się jedynie, czy stan jego zdrowia pozwoli na zrealizowanie pojawiającej się myśli.