Ks. prof. Stanisław Dziekoński jest związany z Uczelnią od 1992 r., gdy rozpoczął studia katechetyczne na Wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej. W 1999 roku otrzymał stopień doktora nauk teologicznych. Habilitację z nauk teologicznych uzyskał w 2006 roku. W 2014 r. otrzymał tytuł naukowy profesora nauk społecznych.

Jest autorem ponad 160 publikacji o tematyce pedagogicznej i teologicznej, w tym siedmiu książek monograficznych, oraz współautorem i współredaktorem licznych książek z zakresu pedagogiki i katechetyki. Jest również członkiem rad naukowych czasopism z wymienionego zakresu.

W latach 2005-2008 był prodziekanem, a następnie w latach 2008-2012 dziekanem Wydziału Teologicznego UKSW. Na Wydziale Teologicznym w latach 2006-2015 pełnił funkcję kierownika Katedry Psychologicznych i Pedagogicznych Podstaw Katechetyki. Od roku akademickiego 2015/16 jest kierownikiem Katedry Pedagogiki Kultury i Edukacji Międzykulturowej na Wydziale Nauk Pedagogicznych UKSW.

Rektor UKSW na kadencję 2012-2016. W tym okresie dwukrotnie otrzymał nagrodę Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego – indywidualną I stopnia, za osiągnięcia organizacyjne podejmowane na rzecz Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.

Jest członkiem licznych gremiów naukowych i doradczych, między innymi konsultorem Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski, członkiem Komisji Wychowania Katolickiego KEP oraz cenzorem przy Komisji Wychowania Katolickiego KEP. Jest również członkiem Komitetu Gospodarczej Myśli Strategicznej przy Ministrze Gospodarki, członkiem Komisji Nauki i Innowacji Polskiego Komitetu Olimpijskiego oraz członkiem Zespołu ds. Nagród w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Pełnił także funkcję zastępcy Przewodniczącego Komitetu Nauk Teologicznych przy Wydziale Nauk Humanistycznych i Społecznych Polskiej Akademii Nauk na kadencję 2011-2014.