Dorobek naukowy ks. Andrzeja Gretkowskiego związany jest tematycznie z terenem diecezji płockiej i ujęty w dziewięciu pozycjach książkowych, stanowiących studium historyczne, a przede wszystkim będących refleksją nad człowiekiem w potrzebie. Ten niewyczerpany i bliski nam temat ks. A. Gretkowski przybliżył m.in. w publikacjach: Katolicyzm społeczny na przykładzie działalności charytatywno-społecznej w diecezji płockiej w I połowie XX wieku; Dłonie pełne dobra. Charytatywno-społeczna działalność zgromadzeń zakonnych na terenie diecezji płockiej w I połowie XX wieku; oraz Dobroczynno-społeczna działalność Zgromadzenia Sióstr Stowarzyszenia Pań Miłosierdzia św. Wincentego à Paulo na terenie diecezji płockiej w latach 1727--2000.
Dzięki tym badaniom historia Mazowsza wzbogacona została o bardzo wartościowy materiał naukowy, odnoszący się nie tylko do działalności charytatywnej zgromadzeń zakonnych, ale i o rys problemów społecznych, jakie istniały w I poł. XX w. w diecezji płockiej.
Kolejną pozycją, o której warto również wspomnieć, jest drugie już wydanie obszernego studium psychologiczno-pedagogiczno-pastoralnego opieki paliatywno-hospicyjnej Ból i cierpienie. Pozycja ta stanowiła treść pracy habilitacyjnej ks. Gretkowskiego, i w opinii prof. dr. hab. Ryszarda Borowskiego (Akademia Pedagogiki Specjalnej w Warszawie) zasługuje na miano „książki unikatowej”. Zdaniem prof. Borowskiego, powinien wziąć ją do rąk „... nie tylko człowiek chory, cierpiący i umierający, ale (...) szczególnie ten, który z tym człowiekiem się spotyka, przebywa, służy, klęczy przed nim, pielęgnuje i tego człowieka miłuje. To podręcznik dla pedagogów specjalnych”. Te cenne i oparte na wnikliwych badaniach wiadomości są ważnym uzupełnieniem doświadczeń naukowych z zakresu psychologii i medycyny.
Dorobek naukowy ks. dr. hab. A. Gretkowskiego wysoko ocenił również ks. prof. dr hab. Michał Grzybowski - jeden z najbardziej znanych historyków Mazowsza. Potwierdził nie tylko wartość historyczną wspomnianych publikacji, ale i dostrzegł w nich element pozamaterialny, trafnie zaakcentowany przez ks. Gretkowskiego w książce Ból i cierpienie; zdiagnozowany przez psychologów i osoby duchowne, ale „zawsze pozostający tajemnicą nieprzeniknioną i wielką, w której człowiek może odnaleźć, mimo wszystko, sens swojego życia, cierpienia i śmierci”.
W dorobku naukowym ks. Gretkowskiego na plan pierwszy wysuwa się człowiek ze swoimi problemami. Człowiek zdany na łaskę i odruch serca innych. Jest to dorobek niemożliwy do osiągnięcia, gdyby nie wieloletnia służba na rzecz osób potrzebujących pomocy, długie godziny spędzone przy łóżku chorego i szczególna posługa kapłańska, która w aspekcie paliatywno-hospicyjnych potrzeb człowieka umierającego ma szczególne znaczenie.
Ks. prof. dr hab. Andrzej Gretkowski, oprócz posługi w Kościele i pracy na uczelni, swój wolny czas poświęca jako wolontariusz w Centrum Psychologiczno-Pastoralnym „Metanoia” i Zakładzie Opiekuńczo-Pielęgnacyjnym Szpitala Świętej Trójcy, a od 1 marca również jako pracownik w Poradni Psychologiczno-Paliatywnej Szpitala Wojewódzkiego w Płocku.
Jest autorem 9 książek i ponad 200 rozpraw naukowych, artykułów i recenzji. Obecnie pracuje nad stworzeniem własnego programu edukacyjnego do nauczania przedmiotu z wychowania do życia w rodzinie.