Przyszły Prymas Polski lubelskim Kościołem kierował zaledwie przez dwa lata, ale był to okres niezwykle znaczący. - Przyszedł do Lublina bardzo młody biskup. Jako pasterz nie miał doświadczenia, tu je zdobywał – podkreśla bp dr hab. Mariusz Leszczyński, biskup pomocniczy diecezji zamojsko-lubaczowskiej i absolwent KUL.

Po śmierci bp. Mariana Fulmana papież Pius XII 4 marca 1946 roku mianował ordynariuszem lubelskim ks. Stefana Wyszyńskiego. Nowy pasterz diecezji lubelskiej był wówczas najmłodszym biskupem w Polsce, miał niespełna 45 lat. I choć nie miał doświadczenia jako biskup pomocniczy, to powierzone mu zostało zarządzanie diecezją. Zdecydowało o tym prawdopodobnie poparcie jego kandydatury przez ówczesnego Prymasa Polski, kard. Augusta Hlonda, który znał ks. Wyszyńskiego z pracy w Radzie Społecznej przy Prymasie Polski.

Diecezja lubelska nie była obca ks. Wyszyńskiemu – na KUL odbył studia z prawa kanonicznego (1925-1929), uwieńczone doktoratem, a podczas okupacji niemieckiej zagrożony aresztowaniem schronił się na kilka miesięcy w Kozłówce koło Lubartowa, a potem w zakładzie dla ociemniałych (filia Lasek) w Żułowie koło Krasnegostawu (1940–1942).

Święcenia biskupie ks. Stefan Wyszyński przyjął w niedzielę, 12 maja 1946 roku na Jasnej Górze. Uroczysty ingres do katedry w Lublinie miał miejsce dwa tygodnie później. Jako biskup lubelski ks. Wyszyński stał się również Wielkim Kanclerzem KUL, czyli opiekunem uczelni z ramienia Episkopatu Polski.

Biskup Wyszyński doskonale zdawał sobie sprawę ze znaczenia KUL dla polskiego Kościoła. Wspierał działalność uczelni w różnoraki sposób, ówczesny rektor KUL ks. prof. Antoni Słomkowski mógł liczyć na pomoc Wielkiego Kanclerza w rozwiązywaniu niełatwych problemów gospodarczych i organizacyjnych. Bp Wyszyński zabiegał o sprowadzenie na KUL kadry profesorskiej. Sam również prowadził wykłady z chrześcijańskiej doktryny społecznej. Dzięki jego poparciu w 1946 roku powstał Wydział Filozofii Chrześcijańskiej, a także reaktywowany został Instytut Wyższej Kultury Religijnej, który umożliwiał katolikom świeckim pogłębianie wiedzy i kultury religijnej. Z jego inicjatywy Episkopat Polski powierzył KUL-owi zadanie opracowania Encyklopedii Katolickiej.

Zabiegając o byt materialny uniwersytetu kierował do wiernych odezwy z prośbą o materialne wsparcie dla uczelni, podkreś¬lając, że „im większe trudności stają przed naszą Wszechnicą, tym głębszą miłością powinniśmy ją otaczać". Udzielił poparcia inicjatywie odbudowy To-warzystwa Przyjaciół KUL, którego jednym z celów głównych było gromadzenie środków materialnych na utrzymanie Uczelni.

12 listopada 1948 roku biskup lubelski Stefan Wyszyński otrzymał nominację na arcybiskupa gnieźnieńskiego i warszawskiego oraz prymasa Polski. Żegnając się ze społecznością akademicką KUL powiedział: „Po raz wtóry już w swoim życiu kończę Lublin: raz w roku 1929 a drugi raz w roku 1949. Tak Bóg chciał. Naprzód przysłał mnie tutaj, abym się czegoś nauczył a potem, widocznie w przekonaniu, że repetitio Mater studiorum, przysłał mnie po raz wtóry, abym też się czegoś nauczył. Skoro więc wypada mi iść w dalszą drogę, nie mogę stąd odejść, Najmilsi, bez stwierdzenia, że istotnie wydaje mi się, żem chleba tutaj darmo nie jadł i czegoś naprawdę się nauczyłem - i nauczyłem się tutaj, w tej uczelni, nie tylko przez to, żem tutaj przebywał, ale właśnie przez to, żem był świadkiem pracy tej uczelni, którą kocham".

Okres biskupiego posługiwania w Lublinie okazał się z perspektywy niezwykle istotny. Był to czas odbudowy diecezji nie tylko w trudnej sytuacji materialnej, ale także pierwszych zmagań z rosnącą w siłę władzą komunistyczną. - Te dwa lata doświadczenia jako biskupa były ogromną pomocą w późniejszym posługiwaniu – stwierdza bp Leszczyński – Prymas wielokrotnie podkreślał, że właśnie w Lublinie nabierał doświadczenia i bardzo to sobie cenił – dodaje.

Choć bp Wyszyński opuścił Lublin, to przewodząc polskiemu Kościołowi w trudnych latach komunizmu jako prymas pozostał protektorem i dobroczyńcą KUL. O roli, jaką przypisywał uniwersytetowi katolickiemu świadczy fakt, że pełnił funkcję Przewodniczącego Komisji Episkopatu ds. KUL. Była to jedyna komisja Episkopatu, której pracami osobiście kierował.